O pastor Silas Malafaia foi incluído no inquérito da Polícia Federal que apura suspeitas de obstrução de investigação e ações direcionadas contra autoridades brasileiras. A investigação, aberta em maio, já inclui o ex-presidente Jair Bolsonaro, o deputado federal Eduardo Bolsonaro e o comentarista Paulo Figueiredo.

Segundo o relator do caso no Supremo Tribunal Federal (STF), ministro Alexandre de Moraes, a apuração busca apurar atos que poderiam dificultar o andamento do processo em que Bolsonaro responde por tentativa de golpe de Estado. Entre as condutas investigadas estão coação no curso do processo, obstrução de investigação de organização criminosa e tentativa de abolição violenta do Estado Democrático de Direito.
Malafaia organizou um ato de apoio a Bolsonaro no dia 3 de agosto, evento no qual o ex-presidente participou por ligação de vídeo, transmitida por redes sociais de terceiros. A participação do pastor levou à decretação de sua prisão domiciliar no dia seguinte.

Na quinta-feira (14), Malafaia publicou gravação nas redes sociais defendendo o impeachment do ministro Alexandre de Moraes e sugerindo que ele deveria ser processado. Em áudio enviado ao g1, o pastor afirmou desconhecer a investigação e declarou não ter recebido notificação da Polícia Federal.
— Isso que você está falando pra mim é uma novidade (...) Por acaso eu tenho algum acesso à autoridade americana? Ou isso é mais uma prova inequívoca de que o Estado democrático brasileiro está sendo jogado na lata do lixo, comandado pelo ditador da toga Alexandre de Moraes, que promove perseguição a qualquer um que fale? Que democracia é essa, gente? — disse Malafaia.